骷髅洞穴需要进入沙漠地图寻找，就配置在西北部的区域，但游戏初期是被锁住的情形得到头骨钥匙后才能开始。它和矿井是很相似的，由于每层都会有梯子出现，此处也可以开采石头以及其他资源，当然敌人的数量也会更多一些。如果能够找到竖井还可以直接跃过3-15层，那些已经生成的梯子将会有20%的也许性变成竖井。

此处是没有电梯的，因此无法保存进度但在每层七点都出现了梯子，玩家可以随时离开或者进入骷髅洞穴。后续进入必须从第一层开始，如果在洞穴探险的时候生活值消耗完第二天会出现在诊所中。诊所治疗将会消耗1000金，还会导致部分物品丢失。随着层数逐渐的深入里面获取稀有资源的概率也会提高，想要获取铱矿石就可以深入骷髅洞穴。但要注意携带好武器和防具，由于洞穴中有大量的怪物，击杀怪物也有概率得到战利品。这些怪物阵亡以后会掉落矿石类的资源，也有也许是独特物品。洞穴中的怪物会提示玩家携带银河剑或者熔岩武士刀，因此有这些装备的话都放在背包里。

运气也会影响大家在洞穴中获取顶级资源的概率，物品掉落、梯子或者洞口出现的情况也和其关联。初次进入洞穴以后玩家将会在第二天收到齐先生的信件，也因此会触发任务“齐先生的挑战”。任务内容特别简单进入到25层就可以了，成功后可以得到1万金作为奖励，会在任务结束后的第二天通过邮件发送。如果初次进入骷髅洞穴的时候就抵达了25层，那么任务会在第二天自动判定为完成。这个位置的时刻和星露谷正常情形下不一样，它的时刻流逝会更慢一些。如果和现实全球的时刻进行转换，游戏时刻中的1小时等于于43秒而进入骷髅洞穴后会变成54秒，但多人玩法中进入到史前层数后时刻会恢复正常。

寻觅洞穴的时候除了要携带武器，食物也是特别重要的，由于人物在采矿和战斗阶段会消耗很多的体力。不同的食物功能是不一样的，因此增益的持续时效也有差异，例如秋日恩赐吃下后将会增加采集和防御能力。提议选择对下矿和战斗有帮助的食物，例如魔法糖冰棍。